根据“教育部工程研究中心建设项目可行性研究报告及其批复文件”的要求，工程研究中心设一个办公室、湿地生态研究室、湿地作物研究室和湿地水产研究室三个研究室和一个测试分析中心；以后根据工程研究中心发展需要，适时组建市场部；同时设立工程研究中心技术委员会，聘请国内外本领域的知名专家担任学术委员会委员。
    根据“教育部工程研究中心建设与管理暂行办法”和长大校发[2010]18号文件精神，工程研究中心采取省部共建方式，与湖北省涝渍地工程技术研究中心和湖北省涝渍灾害与湿地农业重点实验室合建，三块牌子一套班子，实行工程研究中心主任负责制，日常工作由常务副主任主持，业务上接受工程研究中心学术委员会的指导。长江中游湿地农业教育部工程研究中心依托长江大学农学院、动物科学学院、生命科学学院和园艺园林学院建设，日常工作挂靠农学院运行。工程研究中心办公室设2名专职工作人员，即1名办公室主任和1名科研秘书，其余参与建设工作的主任、副主任和研发人员等全部为兼职人员。以后根据工程研究中心的发展前景和工作需要增设专职人员岗位，通过人才引进或岗位调整逐步加以解决。兼职研究人员以项目为纽带，以中心为平台承担中心研发任务，研究人员只要在工程研究中心承担研发任务，中心为其提供必要条件、经费资助和全方位服务。